本发明属于基因工程技术领域,具体公开了海带磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶SjPCK1基因及其编码蛋白和应用。所述SjPCK1基因的cDNA序列如SEQ ID NO:1所示,DNA全长序列如SEQ ID NO:2所示;所述SjPCK1基因的编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示;通过所述SjPCK1基因和表达载体构建的重组蛋白rSjPCK1的氨基酸序列如SEQ ID NO:4所示,且具有羧化及脱羧的酶活性;本发明所述的SjPCK1基因、其编码蛋白、重组蛋白rSjPCK1可用于高产转基因海带作物的培育。